Cache Features
Scigress Explorer (CAChe) User Interface
Workspace - ermöglicht die schnelle und einfache Erstellung von Molekülen; automatisierte Absättigung von freien Valenzen; chemisch sinnvolle Geometrien; Anzeige von Partialladungen, Bindungsordnung, Bindungsspannung; Anzeige von Energiediagrammen (2D und 3D), IR- und VIS-Spektren, Orbitale, Reaktionszentren; Vergleich von Strukturen durch "übereinanderlegen"; Zuordnung von Spektren und Energiediagrammen zu Strukturen; Fragmentbibliothek, u.a. Aminosäuren, Nucleinsäuren, Übergangszustände, metallorganisch, organisch, anorganisch, Wirkstoffe; Visualisierung von PDB Dateien; automatische Generierung von Peptiden aus Sequenzen; Modifizierung von Proteinstrukturen; Algorithmus für Sequenzvergleiche (Needleman-Wunsch); solvent accessible surface; ligand pocket surface; automatisierter Dockingmechamismus. Interface zu Gaussian*.
ProjectLeader - batch processing; kann tausende von Molekülen prozessieren; Verwaltung von Forschungsprojekten; automatische Konvertierung von 2D zu 3D Strukturen, Punktplots; multiple und schrittweise Regression; QSAR & QSPR für ADME, logP, Rule-of-5; Autodocking Modul
Scigress Explorer (CAChe) Rechenmodule
Molekülmechanik und Dynamik - alle Elemente; organisch und anorganisch; MM2, MM3, AMBER; modifizierbare Molekülmechanikparameter; Konformerensuche; Energiepotentiale; Geomoetrieoptimierungen
MOPAC 2002 - Hauptgruppenelemente; organisch und anorganisch; AM1, PM3, PM5, MINDO/3, MNDO; d-Orbitale für Übergangsmetalle; COSMO Solvatisierungsmodell; MOZYME Algorithmus, ermöglicht Rechnungen an Systemen bis zu 20,000 Atomen; ESR-; IR-Spektren; Bildungsenergie; Freie Energie; Suche von Übergangszuständen; Intrinsische Reaktionskoordinaten; Dynamische Reaktionskoordinaten; Aktivierungsenergie; Polarisierbarkeit; Reaktionszentren; Dipolmomente; Partialladungen; Bindungsordnung; Potentialhyperflächen; Geometrieoptimierungen; Angeregte Zustände, offenschalige Systeme; ISC (intersystem crossing)
ZINDO - d-Orbitale, INDO und CNDO, organisch und anorganisch; Partialladungen, Bindungsordnung, UV/VIS-Spektren; SCRF Solvatisierungsmodell; Reaktionszentren
MOS-F - Ein neues semiempirisches Verfahren, das spektroskopische Eigenschaften von offen- und geschlossenschaligen Molekühlen berechnet. MOS-F erweiert die Möglichkeiten von MOPAC und ZINDO.
DGauss/DFT - Genauere Berechnungen - im Vergleich zu Semiempirik - durch Dichtefunktionaltheorie; NMR- und Schwingungsspektren; Übergangsmetalle, Pseudopotentiale. DGauss unterstützt Multiprozessorplattformen
CONFLEX - Automatische Suche nach dem Globalen Minimum; Systematische und vollständige Generierung der energetisch niedrigsten Konformere eines Moleküls, auch von ringförmigen Systemen; Automatische und vollständige Charakterisierung der Optimierten Geometrien; Sortiert automatisch doppelt vorhandene Strukturen und stationäre Punkte aus, die keine Minima darstellen.
LocalSCF - Ein neu entwickeltes, linear skalierendes Verfahren ermöglicht quantenchemische Berechnungen an Systemen, die aus mehr als 100.000 Atomen bestehen. Durch diesen Algorithmus ist es erstmals möglich, Proteine auf einem zeitgemäßen PC auf dem Level der Quantenmechanik zu berechnen.
LocalSCF 2.0 - unterstützt nun auch Übergangsmetalle, Energien/Geometrien in der Gasphase sowie solvatisiert. Verbessertes COSMO Modell.